از دیگر بناهای تاریخی مذهبی نایین که بیرون دروازه
چهل دختران قرار دارد امامزاده سلطان سید علی میباشد
که از احفاد امام صادق «ع» است. برخی سلطان سید علی
را فرزند ابراهیم فرزند موسی بن جعفر ع دانسته اند ،
که مدرک مستندی ،نظر فوق را صحیح می داند .
بنای امامزاده سلطان سیدعلی متعلق به اواخرقرن
هفتم و اوایل قرن هشتم هجریست.بانی این بنای زیبا میرجلال الدین احمد بوده است که در جلوی درب شرقی حرم امامزادهمدفون است . این مکان در حال حاضر
ورودی برادران به رواق فاطمیه است.