حسینیه چهل دختران همانند دیگر حسینیه‌های تاریخی نایین متشکل از دو قسمت روباز و مسقف میباشد.
حسینیه بیرونی : میدان یا فضای روباز حسینیه با نقشة مربع مستطیل ساخته شده و در اضلاع چهارگانه آن، در دو طبقه، ایوان، صفه‌ها و غرفه‌هایی تدارک دیده شده است.
این میدانچه در دو سوی بخشی از ابتدای بازار بزرگ شهر واقع شده و کسی اطلاع روشن و دقیقی از بنای آن ندارد ولی سبک معماری آن مشابهت به دوره ی صفویه دارد.
در این میدانچه عناصری چون مسجد و سقاخانه و اطاقک دفن چهل دختر قرار دارد.همچنین در ضلع شرقی آن تخت بلند حسینیه قرار دارد که در هلالی طاق نمای آن یک ردیف کاشی با زمینه آبی نصب گردیده و بر آن آیه الکرسی مکتوب است.در داخل صفه در ستونهای قرینه و جانبی آن کاشی های لوزی شکل نصب گردیده که بر روی یکی از آنها نوشته شده «التماس اینکه این حقیر را به فاتحه یاد نمایید» و یا در روی دیگری نوشته شده:
هر که خواند دعا طمع دارم زان که من بنده گنهکارم
ودر کاشی دیگر چنین نوشته شده« تحریرات فی شهر ذی القعده ۱۲۲۶ ه.ق
